Η Ιερά Σύνοδος εξέφρασε τη στήριξή της στον Εφραίμ και σε ανακοίνωσή της, αναφερόμενη στην προφυλάκισή του, κάνει λόγο για παραβίαση των ιερών θεσμών και μη τήρηση των καταστατικών όρων του Αγίου Όρους.
Παράλληλα γίνεται λόγος για πλήγμα στο κύρος της Εκκλησίας, ενώ ξεκαθαρίζεται ότι «η εκκλησία σέβεται τις αποφάσεις της δικαιοσύνης και δεν επιθυμεί κατά κανένα τρόπο να παρέμβει στις αρμοδιότητές της, μολονότι κατά καιρούς υπήρξαν ρωγμές ως προς την ορθότητα αυτών».